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一个刑事案件中，被鉴定人经多次精神鉴定，每一次鉴定结果并不完全相同， 对精神鉴定结论争议较多的案件性质多为凶杀、伤害、强奸、纵火，前两种案件多因为缺乏明显的现实动机而由司法机关提出鉴定，但常因为其性质重大，影响恶劣，被害人不满而提出重复鉴定，而后两种案件中，虽然案情和动机比较明确，但被鉴定人有很多存在智能问题，对其智能和法定能力的评定也较易产生分歧。
如在心因性反应、分裂样精神障碍、精神发育迟滞、情感性精神障碍中精神疾病的诊断因鉴定的时间不同会产生差异，但多数情况下鉴定时机对结论的影响并不是很大，在心因性反应、某些重性精神障碍的鉴定中，不同时间的鉴定会得出不同的结论，比如在发案时鉴定，被鉴定人处于精神分裂症早期，症状不易察觉，提供的相应证据不足，即使其违法行为已经是在其精神症状作用下发生的，还是很可能被诊断为无精神障碍、人格障碍或轻型精神障碍等，负有相应的责任能力；但在收审关押后，症状发展，病情表现充分，病程也达到了一定时间，这时鉴定结论肯定是不一样的。
对症状的认识，由于精神诊断是以症状学为基础的，因此对鉴定医师的对精神症状有准确而深刻的认识，不同水平的鉴定人的精神检查技巧、对精神症状的敏感性和理解力确实存在差异； 对诊断标准的理解，许多研究已证实对精神发育迟滞者的智能等级评定上，尤其是轻、中度之间的诊断上存在较大差异，实际上就是对现行诊断标准的掌握有问题，其他情况还突出表现在精神分裂症和情感性障碍的鉴别等处。
在鉴定中，办案人员所起的作用很微妙，因为在精神病史的搜集中，很多资料都要由他们来提供，如果被鉴定人发案当时或发案后精神症状很明显，那么办案人员可能会相应的对其病态表现作详细的调查，多提供一些异常的情况，而如果案件动机比较明确，仅有精神病史，或仅是由被鉴定人家属提出要求鉴定，办案人员可能会忽视一些异常情况的调查，提供不出特别的证据，那么在这种情况下，如果鉴定人对鉴定当时被鉴定人的症状的掌握感觉不是很踏实的话，一般会采取比较保守的态度，即依照推定无病的原则，如无确实证据，不能认为其有精神障碍。而在重复鉴定中，往往因案情影响重大，调查深入，提供资料详实、确凿，容易核实，结合精神检查的情况，可能会得出与原先鉴定不同的结论。
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